Durant de nombreuses années l’entretien des bosses de la réserve (levées herbeuses séparant les différents marais) a été assuré par des moutons d’une race rustique d’origine écossaise (Scottish black face). L’objectif était de favoriser le stationnement et l’alimentation de certains oiseaux (canards, bernaches) dans l’herbe rase
Jusqu’en février 2010, la réserve possédait un troupeau d’une trentaine de brebis et d’un bélier. Malheureusement lors de la submersion suite à la tempête Xynthia, la majeure partie du troupeau a été noyé. À la suite de cet événement, un partenariat a été conclu avec un saunier-éleveur, Ludovic Pannetier, qui amenait son troupeau sur la réserve en fin de printemps et le ramener en hiver en Vendée, à l’abri des submersions.
Depuis 2015, il se consacre uniquement à l’élevage et a trouvé suffisamment de pâture en Vendée pour ne plus amener ses bêtes sur l’ile de Ré. La réserve ne souhaitant pas prendre le risque de gérer un troupeau, la gestion des bosses est actuellement réalisée par broyage mécanique à l’aide d’un micro-tracteur.